S-a implicat direct în luarea deciziilor politice în timpul mandatului soțului său. A fost conducătoarea comitetului care a propus Planul de îngrijiri medicale Clinton, care nu a fost adoptat de către Congres. A inițiat de asemenea Programul de asigurări de sănătate pentru copii precum și a Actului de adopțiuni ale copiilor.
În 2000 Clinton a fost aleasă în Senatul Statelor Unite înlocuindu-l pe Daniel Patrick Moynihan, devenind singura soție de președinte care a candidat pentru o funcție publică și prima femeie care a reprezentat New York-ul. Ea a fost realeasă în anul 2006. Ca senator, face parte din Comitetul serviciilor armate, Comitetul Mediului și Lucrărilor Publice, Comitetul Sănătății, Educației, Muncii și Pensiilor, precum și în Comitetul special asupra îmbătrânirii. Pe 20 ianuarie 2007 ea și-a anunțat în cadrul website-ului personal, HillaryClinton.com, intenția de a candida pentru președinția Statelor Unite ale Americii în cadrul alegerilor prezidențiale din anul 2008, dar a pierdut alegerile interne din Partidul Democrat în favoarea viitorului președinte Barack Obama, care a numit-o apoi secretar de stat în cabinetul său.