În martie 2008 a fost decorat cu Ordinul „Meritul Sportiv” clasa a III-a, pentru rezultatele obținute la campionatele europene și mondiale din perioada 1990-2000, dar și pentru întreaga activitate.[2][3]
Ciobotariu a evoluat pe postul de fundaș central. Primul său club din carieră a fost Progresul București, pentru care a debutat în 1989, când echipa evolua în Divizia C. În 1992, a avut o contribuție importantă la revenirea "Bancarilor" în primul eșalon al fotbalului românesc, în toamna aceluiași an susținând primul meci în Divizia A. A evoluat timp de nouă sezoane la Progresul, alături de care a atins cele mai mari performanțe ale clubului în campionat, locul doi în edițiile 1995/1996 și 1996/1997 și a jucat în finala Cupei României din 1997.
În 1998 a semnat un contract cu Dinamo București, unde a evoluat timp de doi ani și jumătate, necâștigând niciun trofeu. La jumătatea sezonului 1999-2000, Ciobotariu a acceptat oferta venită din partea echipei belgiene Standard Liege care a plătit în schimbul său 1,2 milioane de dolari. În Belgia, a mai evoluat pentru Mons și Antwerp.
În 2004 a revenit la Dinamo unde și-a încheiat cariera de fotbalist.
A jucat opt meciuri în cupele europene, 5 pentru Progresul și 3 pentru Dinamo.
A debutat ca antrenor principal în 2006, la Progresul București, pentru un singur meci. În 2007 semnează cu CS Otopeni, echipă aflată în acel moment în Liga a II-a, dar care își propusese timp de mai mulți ani promovarea. Cu Ciobotariu la conducere, ilfovenii și-au îndeplinit obiectivul, ajungând în premieră în istoria clubului în Liga 1.
Însă conducerea administrativă a decis să înceapă sezonul din Liga 1 cu un antrenor mai experimentat, lui Ciobotariu nefiindu-i prelungit contractul. Astfel proaspătul tehnician a revenit în Liga a II-a, unde a preluat conducerea echipei Internațional Curtea de Argeș. După o scurtă perioadă la clubul argeșean, Ciobotariu a primit oferta de a reveni la Otopeni, echipă care nu reușise rezultate mulțumitoare în Liga 1 și se afla în zona retrogradabilă.
În 28 noiembrie2008, Ciobotariu a condus primul meci pentru Otopeni în Liga 1, pierzând cu 1-0 la Constanța, în disputa cu Farul. Nu a reușit să salveze pe CS Otopeni de la retrogradare, dar a înregistrat câteva rezultate interesante, între care un 0-0 pe terenul lui Dinamo, 2-2 acasă cu FC Timișoara, sau 6-0 în ultima etapă cu Farul, scorul campionatului 2008-09.
În octombrie 2009 a preluat conducerea grupării Pandurii Târgu Jiu, dar după 10 meciuri în care a obținut o singură victorie, a demisionat, în martie 2010.
Pe data de 30 septembrie 2010, Liviu Ciobotariu a fost prezentat oficial în funcția de antrenor al divizionarei secunde CF Brăila, având ca obiectiv clasarea pe unul din primele șase poziții ale clasamentului Seriei l la finalul campionatului. După doar o lună, perioadă în care echipa a obținut un singur punct și a pierdut patru meciul, Ciobotariu a demisionat de la conducerea grupării brăilene.
Din luna iunie a anului 2011 până în 2012 a pregătit formația Dinamo București. În sezonul 2012-2013 a antrenat formatia CSMS Iași, iar din 2013 a preluat o altă echipă din Moldova, FC Vaslui, pe care a condus-o până în 2014.
În ianuarie 2015, Ciobotariu a devenit antrenor la clubul ASA Târgu Mureș. A dus echipa până pe prima poziție în Liga I, însă a eșuat în tentativa de a câștiga titlul de campion după două înfrângeri în ultimele două etape ale sezonului 2014-15. La finalul stagiunii, Ciobotariu a ajuns la un acord cu șefii clubului privind rezilierea contractului.
La 4 iunie 2015, a fost numit antrenor principal al echipei saudite Al-Faisaly. Iar în 2017 a ajuns la Al-Ta'ee. După un sezon, Ciobotariu a revenit în România și a preluat pe FC Botoșani.
La 3 iunie 2019, Ciobotariu a fost numit selecționer al echipei naționale a Libanului.[4] După zece meciuri în această poziție, la 17 iunie 2020, Asociația de Fotbal din Liban a decis să nu prelungească înțelegerea lui Ciobotariu care ajunsese la final.[5]
Pe 15 ianuarie 2021, Ciobotariu a fost numit antrenor al echipei FC Hermannstadt din Liga I cu care a semnat un contract pentru două sezoane.[6]
FC Hermannstadt (antrenor principal).png){kind=small}
Progresul București
Pandurii Târgu Jiu
FC Dinamo
Standard
RAEC Mons
Royal Antwerp FC
România
CS Otopeni
CF Brăila.png){kind=small}
CSMS Iași
FC Vaslui.png){kind=small}
ASA Târgu Mureș
Al-Faisaly.svg){kind=small}
FC Botoșani
Liban
Slovacia
Grecia
Ucraina
