Cinci baraje, jucate în sistem tur-retur, au fost programate inițial, la acestea au participat cele mai prost clasate 10 națiuni africane (în baza coeficienților FIFA din iunie 2007). Tragerea la sorți a fost efectuată cu o zi înaintea anunțului oficial al CAF. Perechile au fost:[1]
São Tomé și Príncipe și Republica Centrafricană s-au retras în septembrie, datorită acestor retrageri Swaziland și Seychelles (cele mai bine clasate dintre cele 10 națiuni) au obținut calificarea în runda următoare, iar adversarele lor originale, Somalia și Djibouti, au jucat una împotriva celeilalte.[2] Barajul între Djibouti și Somalia s-a jucat într-o singur meci în Djibouti, deoarece Somalia nu putea găzdui meciuri internaționale de fotbal.
Algeria și Egiptul au terminat cu o line de clasament identică, dar Algeria a câștigat meciul de baraj cu 1 – 0 și s-a calificat la Campionatul Mondial de Fotbal 2010.