Nowy Targ a primit drepturi de oraș în 1346. Când Polonia a fost partiționată în 1770, orașul a devenit din nou sub control austriac, de data aceasta ca parte Imperiului Austriac. În 1 septembrie1939, orașul a fost invadat de trupe germane, începând ocupația nazistă care a durat cinci ani. În Nowy Targ era situat lagărul de concentrare german Neumarkt.