Realizările sale cele mai importante au fost la Jocurile Olimpice de vară din 1948 din Londra când a câștigat medalia de aur la proba la alergări de fond pe distanța de 10.000 și medalia de argint la 5000 m. La Campionatul European din 1950 (Brüssel) a câștigat medalia de aur la ambele probe de 10.000 și la 5000 de m. În Helsinki la Jocurile Olimpice de vară din 1952, Zátopek a câștigat suveran 3 medalii de aur la 5000; 10.000 și maraton. În 1954 el a doborât recordul de 29 minute la 10.000 m, iar în 1951 a parcurs în mai puțin de 1 oră distanța de 20 km. La Campionatul european din 1954 a câștigat medalia de aur la 10.000 m și argint la 5000 m.
O trăsătură caracterstică spotivului ceh era alergarea cu limba scoasă, el dând impresia că ar fi la capătul puterilor, dar câștiga în final întrecerea. Emil Zátopek, care era poreclit „Omul Locomotivă”, a fost un urmaș demn al atletului finlandez Paavo Nurmi. Din punct de vedere politic, avea vederi antisovietice, în timpul evenimentelor din mai 1968, numite Primăvara de la Praga, Zatopek s-a cățărat pe un tanc rusesc, cerându-le soldaților sovietici să se întoarcă acasă. Acest lucru i-a atras o serie de probleme, ca pierderea tuturor funcțiilor iar în ultimii ani a fost nevoit să lucreze într-o mină de uraniu,[3] la Jáchymov.
