Clasificarea Regnului Protozoa după Systema Naturae 2000

Regn	Subregn	Infraregn	Încrengătură	Subîncrengătură	Infraîncrengătură	Superclasă	Clasă
Protozoa	Sarcomastigota	-	Amoebozoa	Lobosa	-	-	Amoebaea
							Testacealobosea
							Holomastigea
				Conosa	Mycetozoa	Eumyxa	Protostelea
							Myxogastrea
						Dictyostelia	Dictyostelea
					Archamoebae	-	Pelobiontea
							Entomoebea
			Choanozoa	-	-	-	Choanoflagellatea
							Corallochytrea
							Mesomycetozoea
							Cristidiscoidea
	Biciliata	Rhizaria	Cercozoa	Filosa	-	Monadofilosa	Sarcomonadea
							Imbricatea
							Thecofilosea
							Spongomonadea
						Reticulofilosa	Chlorarachnea
							proteomyxidea
				Endomyxa	-	-	Phytomyxea
							Ascetosporea
							Gromiidea
			Foraminifera	-	-	-	Athalamea
							Xenophyophorea
							Foraminifera
			Radiozoa	Radiolaria	-	-	Polycystinea
							Phaeodarea
							Acantharea
		Excavata	Loucozoa	-	-	-	Jakobea
							Malawimonadea
			Percolozoa	-	-	-	Heterolobosea
							Percolatea
			Euglenozoa	Plicostoma	-	-	Euglenoidea
							Diplonemea
				Saccostoma	-	-	Kinetoplastea
							Postgaardea
			Metamonada	-	Anaeromonada	-	Anaeromonadea
					Trichozoa	Parabasalia	-
						Carpediemonadia	-
						Eopharyngia	-
		Alveolata	Myzozoa	Dinozoa	Protoalveolata	-	Colponemea
							Perkinsea
							Apicomonadea
							Ellobiopsea
					Dinoflagellata	-	Dinophyceae
							Blastodiniophyceae
							Noctiluciphyceae
							Syndiniophyceae
				Apicomplexa	-	-	Conoidasida
							Aconoidasida
							Blastocystea
			Ciliophora	Postciliodesmatophora	-	-	Karyorelictea
							Heterotrichea
				Intramacronucleata	-	-	Spirotrichea
							Colpodea
							Litostomatea
							Phyllopharingea
							Nassophorea
							Prostomatea
							Plagiopylea
							Oligihymenophorea
		?	Heliozoa	-	-	-	Centrohelea
							Nucleohelea
		?	Apusozoa	-	-	-	Thecomonadea
Diphyllatea